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 所部职能机构设置:

   设党政办公室(含工会、团委)、财务科(含财务供销科、审计科)、科技服务科(含基建房改办、生产科)、保卫科、社会事务中心(含计生办)等五个职能科室。所部的职能主要包括:负责制定全所发展规划及年度考核目标;负责制定全所宏观层面的各项管理制度;负责全所宏观经济与财务的调控;负责管理基本建设、房改、招商引资项目、技改项目、大宗维修项目的计划与审批;负责管理人事档案、社保和职工管理工作;负责对中层管理人员、专业技术人员的选聘,制定和协调重大的人事政策;负责对国有资产的管理和监控。要逐步从直接管理企业、科研转到以资产管理为重点的间接调控上来,团结协作,强化社会职能的管理。

下设以下国有企业:
   蚕桑试验场(省农业厅蚕种供应站)、茶叶试验场(茶树良种繁育场)、资产经营部(含农业分场、服务部、矿物质饲料厂、建运站、植保站等)。

所部授权各企业的经营范围如下:
  蚕桑试验场:负责经营与蚕桑产业相关的资产,如桑园、蚕种繁育所需的房屋与设备、蚕种冷库等,主要从事蚕种繁育、质量检验、经营以及蚕桑技术推广、科技示范;
  茶叶试验场:负责经营与茶叶产业相关的资产,如茶园、制茶用房与设备等,主要从事茶树良种苗木繁育与茶叶生产经营;
  资产经营部:负责经营管理已兼并、关停或转制企业的资产、全所可以从企事业单位剥离的闲置资产(主要是设备和厂房)、承包租赁的企业和店面,管理、经营全所的自来水、招待所、农业用水、水田、旱地、水面、柑桔园、荒山及未开垦的土地等资源及相关资产,同时开展好产业结构调整及相关农业技术服务,管理全所基建与水电工程安装队伍。

下设以下事业单位:
  研发中心(含科技创新中心、可持续农业研究中心、茶叶质检站)、凤凰沟实验学校、蚕茶卫生院。所部授权各事业单位管理的内容如下:
  研发中心:负责管理与科研相关资产,主要承担科学试验、新品种选育、科技服务、科技开发、茶叶质检等任务;
  凤凰沟实验学校:负责管理与中小学教育相关资产,主要承担全所职工子女的义务教育任务;
  蚕茶卫生院:负责管理与职工医疗相关资产,主要承担全所职工公费医疗任务、全所城镇居民医保与农村合作医疗的组织协调工作。

有限责任公司:
  所部全资公司:江西金乔园林有限公司、江西井冈蚕种科技有限公司、江西凤凰沟生态产业发展有限公司共计三个全资公司。江西井冈蚕种科技有限公司控股的子公司:江西同欣蚕业有限公司、江西年欣蚕业有限公司。